Em 1989, a Matrix venceu o processo licitatório para a implantação de seu Sistema de Informações Laboratoriais no Hospital das Clínicas da USP. A implantação desse produto deu-se em tempo recorde, abrangendo todos os laboratórios do Laboratório Central do HCMUSP e diversos outros serviços de apoio ao diagnóstico do Complexo HC (Anatomia Patológica, Radiologia, Laboratórios de Urgência do Instituto Central e do Instituto da Criança etc.).

Em função da grande quantidade e da diversidade dos usuários, contados às centenas, entre profissionais dos diversos laboratórios e médicos do complexo, a implantação deu-se por meio de grupos de trabalho, compostos por um coordenador da Matrix e por profissionais da informática do HCFMUSP. Várias frentes foram abertas simultaneamente, sob coordenação da Matrix, responsável desde o levantamento das necessidades até a manutenção e o suporte pós-implantação.

Inicialmente instalado em ambiente de grande porte, baseado em mainframes IBM, este sistema foi convertido e migrado para uma rede de máquinas Unix em 1998, na qual é processado até hoje. Desde o início do projeto, terminais de consulta foram instalados por todo o complexo, permitindo a consulta on-line de todos os resultados dos pacientes.

Dada a complexidade do projeto do HCFMUSP e a responsabilidade da empresa no processo, a Matrix estrategicamente decidiu reorientar suas políticas de marketing e de produtos, concentrando suas atividades no segmento de laboratórios e centros de diagnóstico, descontinuando a comercialização e o desenvolvimento de produtos fora desse segmento.

Em meados da década de 1990, percebendo a evolução dos sistemas de produção laboratorial automatizados, a Matrix iniciou o desenvolvimento de um software para o controle da produção laboratorial automatizada, baseado no interfaceamento dos equipamentos de automação e na automação de processos manuais. Mais uma vez em tempo recorde, a Matrix desenvolveu e implantou seu novo produto de software, batizado então de Matrix Interface, no Laboratório Central do HCFMUSP, produzindo resultados além das expectativas.

Foi a descoberta de uma nova vocação para a Matrix. Desde então, o Matrix Interface angariou o respeito de grande parcela dos mais renomados laboratórios brasileiros, que passaram a utilizar-se da nova tecnologia e dos serviços especializados da Matrix.

Através de investimentos contínuos em pesquisa e desenvolvimento, o Matrix Interface passou a incorporar funcionalidades inovadoras e inéditas, voltadas à integração de equipamentos e às automações pré e pós analíticas. Em 2003, por ocasião do lançamento dos produtos MatrixQC e MatrixStorage, teve seu nome alterado para MatrixConnect, o gerenciador da mais ampla família de softwares de automação laboratorial brasileira.